La Bioginnastica nasce nei primi anni novanta da un progetto di ricerca sull'attività motoria per il benessere globale della persona. Stefania Tronconi elabora le prime teorie all'interno dell'Istituto Superiore di Educazione Fisica dell'Università di Urbino.

Da allora e fino ad oggi la Bioginnastica si è evoluta in un protocollo preciso di intervento interdisciplinare di tipo "terapeutico ed educativo", nella visione globale delle discipline "bio-psico-comportamentali-cognitive", originando una metodologia per riappropriarsi del proprio corpo e vivere in modo consapevole, sano ed attivo.

Nel 2000 è nata la Scuola di formazione triennale e nel 2006 è nata la "Associazione Bioginnastica" che ha lo scopo di sperimentare e divulgare scientificamente il metodo.

I centri di Bioginnastica sono convenzionati con l'Università di Ferrara per il tirocinio e lo studio degli studenti laureandi in Scienze Motorie.